Usar secuencias cortas de ADN de regiones estándar del genoma como si fueran las líneas negras de un código de barras. Este es el principal objetivo de un trabajo con participación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) que propone una nueva herramienta para identificar las especies de hongos.
El estudio, que aparece publicado en el último número de la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), se enmarca en el Consortium for the Barcode of Life, una iniciativa internacional para el desarrollo de un nuevo sistema taxonómico estándar para todas las especies que pueblan la Tierra.
Los investigadores han confirmado que determinadas secuencias del ADN ribosómico sirven para clarificar los límites y la identidad de las especies en hongos. En concreto, han determinado que las secuencias ITS (dos espaciadores internos que no se transcriben), son regiones candidatas a convertirse en códigos de barras genéticos por su variabilidad y porque son más susceptibles de acumular mutaciones.
“De momento, hemos seleccionado una región que permitiría la identificación del 85% de los hongos conocidos, pero en el futuro habrá muchas más que aportarán a grupos específicos su identidad”, explica una de las autoras del estudio, la investigadora del Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC) María Paz Martín.
Un método complementario
La nueva herramienta, denominada DNA barcoding, se basa en confrontar el código de barras genético o barcode de un espécimen desconocido con una o más secuencias de especímenes bien identificados por otros medios. “La eficacia del método depende de la disponibilidad de secuencias barcode en colecciones o bases de datos públicas con las que comparar los fragmentos genéticos”, señala la investigadora del CSIC.
Hasta ahora, la identificación de las especies se llevaba a cabo empleando caracteres morfológicos como el tamaño, la forma o el color. La herramienta propuesta por el Consortium for the Barcode of Life, integrado por 200 organizaciones de unos 50 países, pretende servir de complemento a ese sistema, además de permitir una identificación rápida para los investigadores que lo necesiten.
“En el caso de los hongos, este método permite la identificación de especímenes difíciles, que son aquellos que carecen de caracteres morfológicos, como los cultivos aislados de plantas o de animales hospedantes o los fragmentos de talos de los líquenes”, agrega Martín.
Asimismo, los científicos creen que el DNA barcoding facilita el descubrimiento de nuevas especies y contribuye a la sostenibilidad de los recursos naturales, ya que facilita la protección de especies en peligro de extinción, sirve para identificar organismos invasores o para detectar parásitos en cultivos agrícolas.
“Cuando el código de barras de un espécimen no identificado no coincide con ninguno presente en la base de datos pública, la secuencia por sí sola no permite confirmar que estamos ante una nueva especie. Una vez que se han estudiado dentro del contexto taxonómico tradicional, normalmente más lento, los especímenes designados como atípicos pueden llegar a ser descritos como nuevas especies”, precisa la investigadora del CSIC.
Creado en 2004, el Consortium for the Barcode of Life tiene su sede en el Smithsonian Institution’s National Museum of Natural History en Washington (Estados Unidos). El Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC) participa en el proyecto desde 2009. Martín forma parte, junto a otros siete investigadores del centro, del Fungal Barcoding Group, uno de los grupos de trabajo, liderados por Conrad Schoch, investigador del National Center of Biological Information (Estados Unidos), constituidos específicamente para este estudio.
Conrad L. Schoch, Keith A. Seifert, Sabine Huhndorf, Vincent Robert, John L. Spouge, C. André Levesque, Wen Chen, y el Fungal Barcoding Consortium. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS. DOI: 10.1073/pnas.1117018109.
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