Con 25.000 genes expresándose en nuestro organismo, no es de extrañar
que la informática y las matemáticas sean dos herramientas esenciales
para determinar cuáles son importantes en procesos como el cáncer. Por
eso, un grupo de investigadores de la Universidad de Dresde (Alemania)
ha aplicado el algoritmo que utiliza Google para buscar y clasificar
páginas cuando hacemos una búsqueda para encontrar biomarcadores del cáncer de páncreas.
Millones de páginas de internet con distinto contenido y relevancia.
Si tuviéramos que bucear por ellas sin ninguna 'guía' no sólo nos
perderíamos sino que nunca encontraríamos lo que necesitamos. De ahí el
éxito de Google. Gracias a su algoritmo PageRank, nos muestra un ránking
de sitios según su relevancia basándose no sólo en los que se
corresponden con los términos de nuestra búsqueda sino también en los hiperenlaces, en las conexiones entre ellos.
Algo parecido sucede con los biomarcadores que indican si un tumor es
más o menos agresivo. "Mientras que las diferencias entre la expresión
genética de un tumor y el tejido sano o entre diferentes tejidos
tumorales son fuertes, las diferencias entre dos pacientes como el mismo tipo de tumor pero distinto resultado son sutiles", explican los autores en la revista 'PLoS Computational Biology'.
Así que, para ir un paso más allá de los estudios habituales y no
tener sólo en cuenta los niveles de expresión de los genes, decidieron
adaptar PageRank a sus necesidades y crearon así el algoritmo NetRank, que explora además las conexiones que existen entre estos genes.
La inclusión de esta red tiene dos propósitos. "Primero, los
productos de los genes [proteínas, por ejemplo] con muchas interacciones
deberían tener una relevancia biológica mayor ya que pueden ejercer una
influencia mayor sobre el sistema. Segundo, tener en cuenta a los
vecinos de red puede ayudar al algoritmo a ignorar las correlaciones
entre expresión y resultado que no tienen una causalidad biológica",
explica el trabajo.
Utilizando esta nueva herramienta, analizaron muestras de 30
pacientes con adenocarcinoma ductal de páncreas y clasificaron alrededor
de 20.000 proteínas. "Una vez añadida a nuestro análisis la información
sobre las conexiones, nuestros biomarcadores se volvieron más reproducibles", explica Christof Winter, el principal autor.
Es decir, esos marcadores que indicaban si el tumor era más o menos
agresivo identificaban con mayor precisión el pronóstico de otros
tumores. Aunque ésta es sólo una primera fase, y es necesario validar
estos resultados en estudios más amplios, el nuevo rumbo adoptado por
los investigadores alemanes podría dar sus frutos en un futuro.
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